เมื่อวันที่ 29 มิ.ย. 62 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า นพ.รัตนพันธุ์ อินเจริญศักดิ์ อายุรแพทย์หัวใจ รพ.กรุงเทพ แพทย์เจ้าของไข้ สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ (สมศักดิ์ อุปสโม) เจ้าอาวาสวัดพิชยญาติการาม กรรมการมหาเถรสมาคม เจ้าคณะใหญ่หนกลาง กล่าวแถลงกรณีมรณภาพสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ ว่า สมเด็จฯ ได้เข้ารับการรักษาที่ รพ.กรุงเทพ ด้วยภาวะความดันโลหิตสูง หัวใจโต ให้การรักษาด้วยยา ต่อมามีภาวะโรคไต จึงได้ทำการรักษาโดยการฟอกเลือดล้างไต ด้วยเครื่องไตเทียมตั้งแต่ปี พ.ศ.2555 เป็นระยะเวลา 7 ปี

ทั้งนี้ มีภาวะหัวใจทำงานหนักมาโดยตลอด เมื่อปี พ.ศ.2560 พบว่ามีภาวะหลอดเลือดหัวใจตีบ จึงได้รับการรักษาโดยการทำบอลลูน สวนหัวใจ 1 เส้น และได้รับการฟอกไตมาตลอด ซึ่งช่วงหลังๆ ท่านมักจะมีอาการเหนื่อย หลังจากฟอกไต และมีความดันต่ำระหว่างฟอกไต

กระทั่ง เมื่อวันศุกร์ที่ 28 มิ.ย.2562 เข้ารับการฟอกเลือกล้างไตตามปกติ เป็นที่เรียบร้อยดี ท่านเตรียมตัวกำลังจะกลับ เกิดอาการ สะอึก ไอ และเกิดภาวะหัวใจล้มเหลวเฉียบพลัน ทีมแพทย์และพยาบาลเข้าให้การช่วยเหลือฟื้นคืนชีพปั๊มหัวใจ (CPR) เป็นเวลา 1 ชั่วโมง 30 นาที แต่ไม่สามารถยื้อไว้ได้ สมเด็จฯ ได้มรณภาพลงใน เวลา 17.24 น. นับเป็นการสูญเสีย ครั้งสำคัญ ที่สุดของวงการคณะสงฆ์ พุทธศาสนิกชนและคณะศิษย์ทุกคน