ในส่วนของจังหวัดชายแดนภาคใต้ (จังหวัดนราธิวาส ปัตตานี ยะลา และจังหวัดสงขลา) ให้หารือกับคณะกรรมการโรคติดต่อจังหวัด ฝ่ายความมั่นคง ตำรวจ และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เน้นย้ำมาตรการการตั้งจุดตรวจ ด่านตรวจ หรือจุดสกัด ตรวจคัดกรองการเดินทางอย่างเข้มข้น เพื่อสกัดกั้นและยับยั้งการแพร่ระบาดของโรคอย่างรวดเร็วและเด็ดขาด รวมทั้งทำความเข้าใจกับเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้อง และประชาชนในพื้นที่ งดเดินทางข้ามเขตพื้นที่จังหวัดและออกนอกพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ อย่างไรก็ตาม กรณีมีเหตุจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องเดินทางออกนอกพื้นที่จังหวัด ต้องแสดงบัตรประชาชนหรือบัตรแสดงตนอื่น ๆ ควบคู่กับเอกสารรับรองความจำเป็นที่ออกโดยพนักงานเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องหรือเจ้าหน้าที่ฝ่ายปกครองในพื้นที่นั้น โดยดำเนินการตามหลักเกณฑ์การตรวจคัดกรองการเดินทางออกนอกพื้นที่ควบคุมสูงสุดและเข้มงวด (จังหวัดนราธิวาส ปัตตานี ยะลา และจังหวัดสงขลา) และสำหรับในส่วนของจังหวัดอื่น ๆ ให้ดำเนินการใน 2 ลักษณะ คือ 1) วางระบบและมาตรการป้องกันโรค โดยให้ประสานการปฏิบัติกับฝ่ายความมั่นคง ตำรวจ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ในการตั้งจุดตรวจ ด่านตรวจ หรือจุดสกัด ตรวจคัดกรองการเดินทางอย่างเข้มงวด รวมทั้งมอบหมายนายอำเภอ แจ้งกำนัน ผู้ใหญ่บ้าน และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น บูรณาการความร่วมมือในการติดตาม ค้นหา และคัดกรองผู้ที่เดินทางเข้าหมู่บ้าน/ชุมชนทุกราย กรณีพบผู้เดินทางมาจากพื้นที่ที่กำหนดเป็นพื้นที่ควบคุมสูงสุดและเข้มงวด ให้ดำเนินมาตรการควบคุมและป้องกันโรค โดยคุมไว้สังเกต ณ ที่พำนัก เป็นระยะเวลา 14 วัน นับแต่วันที่ผู้นั้นเดินทางเข้ามายังพื้นที่หมู่บ้าน/ชุมชน และให้งดหรือหลีกเลี่ยงการเดินทางไปยังสถานที่ต่าง ๆ นอกหมู่บ้าน/ชุมชนโดยเด็ดขาด หากพบเชื้อให้แยกกักหรือกักกันตามมาตรการที่ทางราชการกำหนด โดยจัดทำบัญชีรายชื่อผู้ที่เดินทางเข้าหมู่บ้าน/ชุมชน รวบรวมส่งให้อำเภอบันทึกข้อมูลเข้าระบบรายงานข้อมูลผู้เดินทางเข้าหมู่บ้าน/ชุมชน (Thai QM) และ 2) มอบหมายหน่วยงานในสังกัดกระทรวงแรงงานและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ทำความเข้าใจกับผู้ประกอบการในพื้นที่ไม่ให้รับแรงงานต่างด้าวที่เดินทางจากพื้นที่ควบคุมสูงสุดและเข้มงวด เข้าทำงานในสถานประกอบการ เนื่องจากจะมีความเสี่ยงต่อการแพร่ระบาดของโรคโควิด-19 ในพื้นที่ และอาจต้องถูกดำเนินการตามขั้นตอนทางกฎหมาย

นอกจากนี้ ให้ประสานการปฏิบัติร่วมกับหน่วยงานของศูนย์ปฏิบัติการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉินด้านความมั่นคง สำนักงานตำรวจแห่งชาติ (ศปม.ตร.) และศูนย์ปฏิบัติการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉินด้านความมั่นคง เหล่าทัพ (ศปม.เหล่าทัพ) ในพื้นที่ วางแผนจัดวางกำลังและการปฏิบัติ ในพื้นที่รับผิดชอบ โดยร้องขอกำลังสนับสนุนจากหน่วยงานของศูนย์ปฏิบัติการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉินด้านความมั่นคงในพื้นที่ พร้อมกันนี้ หากคณะกรรมการโรคติดต่อกรุงเทพมหานคร หรือคณะกรรมการโรคติดต่อจังหวัด ได้มีมติให้ออกประกาศหรือคำสั่ง ให้จัดส่ง ศบค.มท. ทราบ เพื่อรายงานสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีประกาศในราชกิจจานุเบกษา รวมทั้งประชาสัมพันธ์สร้างการรับรู้ไปยังประชาชนและผู้มีส่วนเกี่ยวข้องได้รับทราบด้วย