วันที่ 19 ก.ค. 64 ทางการญี่ปุ่นยอมรับว่า โควิดระบาดในหมู่บ้านนักกีฬา โตเกียว โอลิมปิก เป็นที่เรียบร้อยแล้ว โดยล่าสุดนักฟุตบอลแอฟริกาใต้ 2 รายถูกตรวจพบว่าติดเชื้อโควิด-19
 
นอกจากนี้ยังมีเจ้าหน้าที่วิเคราะห์ข้อมูลของทีมก็ติดด้วย เพียงแต่ยังไม่ได้เข้าหมู่บ้านนักกีฬา โดยตรวจพบที่สนามบิน เท่ากับว่าทีมฟุตบอลแอฟริกาใต้ติดเชื้อโควิด 3 ราย

แต่จากข้อมูลทั้งหมด รวมแล้วขณะนี้มีเจ้าหน้าที่และนักกีฬาโอลิมปิกติดเชื้อแล้ว 25 ราย ยังดีที่อยู่ในหมู่บ้านนักกีฬา 2 ราย ทางเจ้าภาพจึงให้ผู้ใกล้ชิดกักตัวในห้องพักเท่านั้น ห้ามออกนอกห้องเด็ดขาด ซึ่งจากข่าวทำให้เกิดความกังวลในหมู่นักกีฬาทุกประเทศเป็นอย่างมากว่าจะติดโควิดก่อนแข่ง

มีรายงานว่านักกรีฑา 6 คนและเจ้าหน้าที่ 2 คนจากสหราชอาณาจักร เนื่องจากมีผู้โดยสารจากเครื่องบินลำเดียวกันที่เดินทางมาญี่ปุ่น ติดเชื้อโควิด แต่ทั้ง 8 คนนี้ตรวจไม่พบเชื้อที่สนามบิน แต่ต้องกักตัวและตรวจเชื้อซ้ำ