ตามที่สมเด็จพระวันรัต เจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศวิหาร อาพาธด้วยโรคมะเร็งถุงน้ำดี ได้รับการรักษาอย่างต่อเนื่อง ณ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย ตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม 2564 จนถึงวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ.2565 เวลา 14.22 น. สมเด็จพระวันรัต ได้มรณภาพด้วยอาการสงบนั้น

เมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2565 นายสิปป์บวร แก้วงาม ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) กล่าวว่า ขณะนี้ทาง พศ.ได้ทำหนังสือกราบบังคมทูลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระบรมวงศานุวงศ์ เรียบร้อยแล้ว ขั้นตอนจากนี้ เป็นเรื่องของทางวัดบวรฯและสำนักพระราชวัง ที่จะว่าไปตามกระบวนการ ส่วน พศ.จะมีหน้าที่อำนวยความสะดวกพระเถระชั้นผู้ใหญ่ที่จะมาร่วมงาน ส่วนพิธีกรรมต่าง ๆ เป็นเรื่องของวัดบวรฯ และทางสำนักพระราชวังที่จะดำเนินการเป็นหลัก

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า เพจเฟซบุ๊ก วัดบวรนิเวศวิหาร เผยแพร่กำหนดการบำเพ็ญกุศลศพ สมเด็จพระวันรัต (จุนท์ พฺรหฺมคุตฺโต) ปฏิบัติหน้าที่แทนเจ้าคณะใหญ่คณะธรรมยุต เจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศวิหาร ดังนี้  วันที่ 17 มีนาคม ดังนี้ เวลา 08.30 น. เคลื่อนศพเจ้าประคุณสมเด็จฯ ออกจากโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทยมายังห้องบำเพ็ญกุศล ชั้นที่ 2 อาคาร 100 ปี เวลา 09.30 น. เปิดโอกาสให้พระภิกษุสามเณร ถวายน้ำสรงศพเจ้าประคุณสมเด็จฯ ที่ห้องบำเพ็ญกุศล ชั้นที่ 2 อาคาร 100 ปี ขณะที่ประชาชนทั่วไป ถวายน้ำสรงศพเจ้าประคุณสมเด็จฯ หน้าภาพถ่าย ที่ห้องประชุม ชั้นที่ 1 อาคารสภาการศึกษามหามกุฎราชวิทยาลัย ก่อนที่ในเวลา 17.30 น. พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินี เสด็จพระราชดำเนินไปในการพระราชทานน้ำหลวงอาบศพ

วันที่ 18-23 มีนาคม 2565 ทรงพระกรุณาโปรดพระราชทานพระบรมราชานุเคราะห์ในการสวดพระอภิธรรม ในเวลา 18.00 น. จากนั้นวันที่ 21 มีนาคม 2565 เวลา 16.30 น. ทรงพระกรุณาโปรด บำเพ็ญพระราชกุศล 7 วัน พระราชทานศพ จากนั้นเวลา 18.00 น. พระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรม วันที่ 22 มีนาคม 2565 เวลา 10.00 น. ทรงพระกรุณาโปรด บำเพ็ญพระราชกุศล 7 วัน พระราชทานศพ จากนั้นเวลา 18.00 น. พระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรม

นที่ 24 มีนาคม 2565 ไปจนถึงการบำเพ็ญพระราชกุศล 100 วัน  เปิดโอกาสให้คณะสงฆ์ องค์กร หน่วยงานทั้งภาครัฐและเอกชน ตลอดจนศิษยานุศิษย์ รับเป็นเจ้าภาพในการสวดพระอภิธรรม ทุกวัน เวลา 18.00 น.

วันที่ 5 พฤษภาคม  2565 เวลา 16.30 น. ทรงพระกรุณาโปรด บำเพ็ญพระราชกุศล 50 วัน พระราชทานศพ จากนั้นเวลา 18.00 น. พระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรม วันที่ 6 พฤษภาคม 2565 เวลา 10.00 น. ทรงพระกรุณาโปรดบำเพ็ญพระราชกุศล 50 วัน พระราชทานศพ จากนั้นเวลา 18.00 น. พระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรม

วันที่ 22 มิถุนายน 2565 เวลา 16.30 น. ทรงพระกรุณาโปรด บำเพ็ญพระราชกุศล 100 วัน พระราชทานศพ วันที่ 23 มิถุนายน 2565 เวลา 10.00 น. ทรงพระกรุณาโปรด บำเพ็ญพระราชกุศล 100 วัน พระราชทานศพ  จากนั้น เวลา 18.00 น. พระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรม