สำหรับการก่อสร้างวิหารไม้สักทอง ในวัดนันตาราม เดิมวัดนี้เรียกว่า วัดจองคา (จอง เป็นคำไทใหญ่หมายถึงวัด) และหลังคาของวิหารมุงด้วยหญ้าคา จึงมีชื่อเรียกวัดจองคาซึ่งเริ่มต้นจากการที่พุทธศาสนิกชนชาวไทใหญ่ที่เข้ามาค้าขายอยู่ในอำเภอเชียงคำเมื่อราว 100 กว่าปีที่ผ่านมา ซึ่งสร้างในปี พ.ศ 2467 โดยพ่อหม่องโพธิ์ชื่นเป็นผู้บริจาคที่ดิน พ่อเฒ่าอุบลเป็นประธานในการก่อสร้าง ชาวบ้านทั่วไปมักนิยมเรียกวัดนี้ว่า วัดจองเหนือ ซึ่งอยู่ทางด้านทิศเหนือของอำเภอเชียงคำ สำหรับพื้นที่ของวัดจองคา มีเนื้อที่กว่า 8 ไร่ ต่อมาพ่อเฒ่านันตา (อู๋) วงศ์อนันต์ ได้บริจาคเงินเพื่อบูรณะปฏิสังขรณ์ วัดจองคา โดยพ่อเฒ่านันตา (อู๋) ได้เป็นเจ้าภาพสร้างวิหารขึ้น 1 หลังแทนวิหารที่มุงด้วยหญ้าคา แล้วจึงว่าจ้างนายช่างชาวพม่ามาออกแบบและทำการก่อสร้างวิหาร รูปแบบของพระวิหารเป็นวิหารไม้สักทั้งหลัง ศิลปกรรมแบบพม่า หลังคามุงจั่วยกเป็นช่อชั้นลดหลั่นกันลงมาอย่างสวยงาม มุงหลังคาด้วยแป้นเกร็ด (กระเบื้องไม้) เพดานภายในตกแต่งประดับประดาด้วยกระจกสีลวดลายวิจิตรพิสดาร มีเสาไม้ลงรักปิดทองทั้งสิ้น 68 ต้น ค่าก่อสร้างในสมัยนั้นประมาณ 45,000 บาทเศษ สำหรับวิหารไม้สักทองดังกล่าว รูปทรงสถาปัตยกรรมแบบพม่าตอนบน หลังคาสูง ตอนล่างหลังคาจั่วยกเป็นช่อชั้นลดหลั่นกันสวยงาม มุงด้วยไม้แป้นเกล็ด ฟ้าเพดานประดับประดาด้วยกระจกสีลวดลายวิจิตรพิสดารไม่ซ้ำกัน นอกจากนั้นทางวัดยังได้มีพระพุทธรูป ที่ถือเป็นพระพุทธรูปที่ทรงคุณค่า โดยมีพระพุทธรูปปฏิมาประธานไม้สักทอง หรือประพุทธเมตตา มีพระเจ้าแสนแซ่เนื้อทองสำริด ปรางปรมาพิชัย มีพระพุทธรูปเกสรดอกไม้ ซึ่งได้รวบรวมไม้หอมนานาชนิดในเมืองตองกี ประเทศพม่า นำมาปั้นเป็นพระพุทธรูป และยังมีพระพุทธรูปหินขาวหรือหยกขาว ซึ่งมีคุณค่าอยู่ภายในบริเวณวิหารของวัด นอกจากนั้นยังได้จัดให้มีพิพิธภัณฑ์ที่เป็นวิถีชีวิตของชาวบ้านในชุมชน ที่ได้รวบรวมข้าวของเครื่องใช้ต่างๆตลอดจนวิถีชีวิตของชาวบ้านในอดีตรวบรวมไว้เพื่อเป็นแหล่งศึกษาให้กับนักท่องเที่ยวและบุคคลทั่วไปให้สามารถเข้าเรียนรู้ สำหรับวัดนั้นตารามดังกล่าวนั้นถือว่าเป็นวัดที่เก่าแก่มีอายุ อายุร่วม 100 กว่าปี และได้เป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่สำคัญประจำจังหวัดพะเยา ซึ่งมีนักท่องเที่ยวทั้งไทย และชาว ต่างชาติ เข้ามาเที่ยวชมสักการระและถ่ายรูปวิหารไม้สักที่ใหญ่ที่สุดในจังหวัดพะเยา โดยเฉพาะวันหยุดนี้เริ่มมีนักท่องเที่ยวเดินทางเข้าเที่ยวชมกันอย่างคึกคัก